Основные задачи НИИ 

·         Разработка научных прогнозов, планов и программ решения проблем по приоритетным направлениям морской медицины;

·         Проведение и координация научных исследований в области фундаментальных и прикладных наук, направленных на разработку и внедрение новых методов и средств профилактики, диагностики, прогнозирования и лечения заболеваний плавсостава и реабилитации моряков;

·         Повышение квалификации и последипломное обучение врачей, средних медицинских работников, старших помощников капитанов судов, преподавателей вузов в освоении новых форм и методов работы в области морской медицины;

·         Повышение уровня организационно-методического управления и координации научных исследований по морской медицине;

·         Осуществление научно-методического руководства и практической помощи профильным кафедрам медицинских ВУЗов и научным подразделениям НИИ.